Весной 1800 г. Пустошкин вернулся в Мессинский пролив, а затем присоединился к стоявшему у Ионических островов Ушакову.
Сам же руководитель экспедиции после отбытия отрядов к Генуе и Неаполю направился к Палермо для переговоров с английским адмиралом Нельсоном о дальнейших действиях. После этого Ушаков направился к Неаполю и прибыл в город 9 сентября 1799 г. Неаполитанский король рассчитывал на русские силы в предполагаемом походе на Рим, где располагался французский гарнизон в 2,5 тыс. человек под командованием генерала Гарнье, достаточно сведущего в военном деле и уже успевшего разбить неаполитанские и австрийские войска.
В Неаполе Ушаков высадил десант в 800 чел. морской пехоты и матросов под началом полковника Скипора и лейтенанта П. Балабина для наступления на Рим. Однако до подхода русских сил к «Вечному городу» французы успели капитулировать, подписав соответствующий акт на весьма выгодных для себя условиях — десантники возвратились в Неаполь.
Морские пехотинцы эскадры Ушакова участвовали и во взятии Анконы. Туда для этого в свое время был направлен Пустошкин, но свое дело, в силу ряда причин, не завершил. Теперь эта задача была возложена на капитана 2 ранга Войновича, который по прибытии высадил небольшой десант и установил блокаду города. Вскоре в нем начался голод, появились дезертиры, и в немалом числе. В сентябре 1799 г. под Анкону прибыл австрийский отряд под командой генерала Фрелиха, который решил поживиться плодами чужой победы и заключить в тайне от русских договор о капитуляции. Тем временем осада и обстрел города продолжались, и русские десантники неоднократно вступали в стычки с французскими пехотинцами, совершавшими небольшие вылазки. К сожалению, Войнович допустил сдачу крепости Фрелиху, презревшему писаные и неписаные законы воинского содружества. Протесты по этому поводу со стороны российской Коллегии иностранных дел к австрийскому двору возымели действие, и Фрелих был смещен, хотя существенно его карьера не пострадала.
В начале января 1800 г. Ушаков со своей эскадрой вернулся к Корфу, где пробыл до 6 июля, после чего направился в Черное море и в конце октября прибыл в Севастополь. Средиземноморская эпопея русского флота победоносно завершилась.
После этого прошло всего несколько лет, и в Средиземном море вновь появились корабли с Андреевским флагом на мачтах. На сей раз экспедицию возглавлял участник русско-турецкой войны 1787–1791 гг. и средиземноморского похода Ушакова вице-адмирал Д.Н. Сенявин, который должен был сдерживать экспансию в этом регионе наполеоновской Франции и предупредить таким образом возможное нападение французского флота на черноморское побережье.
10 сентября 1805 г. эскадра Сенявина в составе 4 кораблей и 1 фрегата (по другим данным было 5 кораблей, 1 фрегат и 2 брига) снялась с якоря в Кронштадте и направилась в Северное море. Л/с экспедиции состояла из 50 гардемарин, 3007 нижних чинов морских полков и матросов экипажей, 259 нестроевых, 22 штаб-офицеров и 97 обер-офицеров.
После продолжительного плавания 18 января 1806 г. Сенявин прибыл в Корфу, где к нему присоединились бывшие уже здесь войска генерала Анрепа. В результате под началом Сенявина оказались Куринский, Козловский, Колыванский и Витебский мушкетерские полки, 13-й и 14-й егерские и Албанский легион легкой пехоты. Кроме того, в его распоряжении был морской полк Боасселя, набранный из морских батальонов.
Морскую силу составляли 10 линейных кораблей, 5 фрегатов, 6 корветов, 6 бригов и 12 канонерских лодок. На всех судах находилось 7908 морских пехотинцев, матросов и артиллеристов и 1154 пушки.
Правда, к тому времени русские и австрийские войска были разгромлены под Аустерлицем, и Александр I считал присутствие Сенявина в Средиземном море уже неактуальным, что и было изложено в адресованном вице-адмиралу послании.
Сенявин же включился в борьбу с французами, которые претендовали на г. Боко-ди-Каттаро, но столкнулись с противодействием местного славянского населения, поддержанного Верховным правителем и главой церкви Черногории Петром Негошем. 28 февраля русская морская пехота ступила на берег около города, к нему присоединились черногорцы Негоша численностью в 2 тыс. чел., и вскоре все городские форты были ими заняты.
Этот первый успех Сенявина мог оказаться и последним, поскольку 27 марта он получает послание Александра I о необходимости возвращения в Россию. Однако вице-адмирал не стал форсировать события и решил дождаться повторного предписания. Ситуация складывалась успешно, население города и вообще всей Далмации, не говоря о черногорцах, готово было поддержать военные действия русской экспедиции; перспективы борьбы с Наполеоном за восточную часть Средиземного моря и Адриатику вырисовывались весьма благоприятные. Планы Сенявина теперь предусматривали не только не допустить французов в Боко-ди-Каттаро, но и вытеснить их из Рагузы (Дубровника).
Для начала он организовал блокаду Новой Рагузы, а затем вступил в открытое противоборство с французскими войсками, решив дать им бой 5 июля 1806 г. То, что его сводный отряд состоял из морской пехоты и матросов, черногорцев и приморцев (жителей побережья в районе Рагузы), уступавших в целом по численности неприятелю, формально не давало повода надеяться на успех. Тем более что все ключевые позиции были в руках французов. Однако отряд Сенявина и черногорцы, поддержанные 3 ротами егерей капитана Бабичева, сумели удержаться на занятых несколькими атаками позициях и приготовиться к дальнейшему продвижению к укреплениям.
Черногорцам внезапным броском удалось занять одну высоту, туда же устремились и егеря — они ударили в штыки на французских стрелков и гренадер, пытавшихся их остановить.
В это время отряд князя Вяземского двумя колоннами наступал на вражеские батареи, расположенные на вершине. Медленно, неся большие потери, он продолжал восхождение, которое в конечном итоге увенчалось успехом. Французы отступили к своим батареям, но атакующие не дали им придти в себя и обрушились на них новой штыковой атакой. В итоге, по словам очевидца, «русский штык и дерзость черногорцев повсюду торжествовали». Французы, потеряв около 450 чел., вынуждены были отступить и укрыться в Новой Рагузе: все ключевые позиции вокруг нее были в руках русских и черногорцев.
Тем не менее штурмовать Рагузу Сенявин со своим малочисленным отрядом не решался и ограничился ее блокадой, не допуская подвоза провианта. Сенявин особенно отмечал 4 роты морских полков, которые, проявляя чудеса выносливости, образцово исполняли свои обязанности.
После продолжительного перерыва, вызванного переговорами и обменом депешами относительно судьбы Боко-ди-Каттаро и некоторых других территорий, военные действия под Рагузой возобновились.
До поры до времени морские солдаты в дело не вступали, Сенявин использовал в основном флот. Его корабли перехватывали на Адриатике французские и итальянские торговые суда, нанося серьезный ущерб морской торговле этих стран. Однако вскоре настал черед отличиться и флотской пехоте, которая в количестве 1000 чел. на галерах подошла к Пуанта д'Остро и стремительным броском овладела расположенными здесь французскими батареями, захватив в плен небольшой отряд пехоты и артиллеристов.
В сентябре 1806 г. силы Сенявина несколько раз вступали в открытые боевые столкновения с находившимся в Рагузе генералом Мармоном. События разворачивались в районе Кастельнуово и Спаньоле, куда подошли русские сухопутные силы (не более 2,5 тыс. чел., из них половина иррегулярных войск). 18 сентября на французские позиции двинулись черногорцы во главе с генералом Попандопуло, но французы, отбив это наступление, 19 сентября сами пошли в общую атаку с нескольких пунктов и оттеснили отряды балканцев. При этом французские части регулярно получали подкрепления, и вскоре их численное превосходство стало подавляющим. Отступление морских рот и черногорцев проходило с боем, в котором противник нес существенные потери. Кроме того, он подвергся интенсивному обстрелу канонерских лодок.
